Solr Queries

Variant Disease Associations

Production Query

Dev Query

species count
Total 82833 (+1762)
Homo sapiens 82094 (+1762)
Other 739 (0)

Relations

Production Query

Dev Query

relation count
Total 38552024 (+1049028)
is_about 6929288 (+19635)
has phenotype 5633951 (+83816)
mentions 5589789 (+90127)
interacts with 3624289 (-8783)
Other 3289649 (+42311)
Source 2559531 (+302390)
in paralogy relationship with 2047525 (-39418)
in orthology relationship with 1570786 (-12663)
expressed in 1453393 (+352)
in 1 to 1 orthology relationship with 1346984 (-2463)
involved in 1182413 (+254208)
is_allele_of 856347 (+1254)
has_genotype 465964 (+9574)
is part of 348794 (+153518)
enables 318529 (+139247)
has_affected_feature 243837 (+1671)
is marker for 212010 (+1251)
is_expression_variant_of 187380 (-7795)
targets_gene 172858 (+824)
in xenology relationship with 146834 (+142)
sequence_derives_from 111098 (+17968)
colocalizes with 75189 (+76)
pathogenic_for_condition 50498 (+1032)
contributes to 36751 (+378)
is model of 36265 (-199)
derives_from 29597 (+32)
genetically interacts with 20375 (+6)
likely_pathogenic_for_condition 12084 (+536)
disease has basis in feature 11 (+1)
is_reference_allele_of 4 (0)
is_variant_allele_of 1 (0)

Gene Disease Associations

Production Query

Dev Query

species count
Total 34955 (+279)
Homo sapiens 33970 (+273)
Canis lupus familiaris 234 (0)
Mus musculus 169 (+4)
Bos taurus 119 (0)
Felis catus 61 (0)
Ovis aries 47 (0)
Sus scrofa 42 (0)
Gallus gallus 41 (0)
Equus caballus 41 (0)
Drosophila melanogaster 32 (0)
Rattus norvegicus 28 (+2)
Danio rerio 16 (0)
Capra hircus 15 (0)
Oryctolagus cuniculus 12 (0)
Coturnix japonica 9 (0)
Neovison vison 5 (0)
Equus asinus 5 (0)
Other 5 (0)
Caenorhabditis elegans 4 (0)
Bubalus bubalis 4 (0)
Mesocricetus auratus 4 (0)
Oryzias latipes 4 (0)
Macaca mulatta 3 (0)
Bos grunniens 3 (0)
Vulpes lagopus 3 (0)
NCBITaxon:198806 3 (0)
Meleagris gallopavo 2 (0)
Mustela putorius furo 2 (0)
NCBITaxon:48883 2 (0)
NCBITaxon:32536 2 (0)
Macaca fascicularis 2 (0)
Mammuthus primigenius 2 (0)
Vulpes vulpes 2 (0)
NCBITaxon:118797 1 (0)
NCBITaxon:9690 1 (0)
NCBITaxon:9691 1 (0)
Sciurus carolinensis 1 (0)
Sus scrofa domesticus 1 (0)
Canis latrans 1 (0)
NCBITaxon:57662 1 (0)
NCBITaxon:103584 1 (0)
Panthera tigris 1 (0)
Peromyscus maniculatus 1 (0)
Bos mutus 1 (0)
Phoenicopterus ruber 1 (0)
NCBITaxon:273489 1 (0)
Ctenopharyngodon idella 1 (0)
Canis lupus 1 (0)
Dromaius novaehollandiae 1 (0)
NCBITaxon:9579 1 (0)
Numida meleagris 1 (0)
Macaca fuscata 1 (0)
Hylobates lar 1 (0)
Oreochromis niloticus 1 (0)
Columba livia 1 (0)
Balaenoptera acutorostrata 1 (0)
Anas platyrhynchos 1 (0)
NCBITaxon:46844 1 (0)
NCBITaxon:338458 1 (0)
NCBITaxon:54059 1 (0)
NCBITaxon:120794 1 (0)
Coturnix coturnix 1 (0)
Symphalangus syndactylus 1 (0)
Pan troglodytes 1 (0)
Rangifer tarandus 1 (0)
NCBITaxon:37029 1 (0)
Tursiops truncatus 1 (0)
NCBITaxon:8523 1 (0)
Delphinapterus leucas 1 (0)
Cavia porcellus 1 (0)
NCBITaxon:68352 1 (0)
Aepyceros melampus 1 (0)
Ursus americanus 1 (0)
Panthera tigris tigris 1 (0)
Gorilla gorilla 1 (0)
Takifugu rubripes 1 (0)
NCBITaxon:34892 1 (0)
Astyanax 1 (0)
NCBITaxon:61406 1 (0)
NCBITaxon:70340 1 (0)
Peromyscus polionotus 1 (0)
NCBITaxon:255217 1 (0)
Cebus apella 1 (0)
NCBITaxon:87177 1 (0)
NCBITaxon:61386 1 (0)
NCBITaxon:43597 1 (0)
NCBITaxon:328808 1 (0)
Elephas maximus 1 (0)
NCBITaxon:57661 1 (0)
NCBITaxon:9773 1 (0)
NCBITaxon:345164 1 (0)
NCBITaxon:38666 1 (0)
Camelus dromedarius 1 (0)
NCBITaxon:61455 1 (0)
NCBITaxon:61402 1 (0)

Genotype Phenotype Associations

Production Query

Dev Query

species count
Total 958722 (+10032)
Drosophila melanogaster 404585 (+7196)
Mus musculus 329328 (+2043)
Homo sapiens 116618 (+219)
Danio rerio 98031 (+580)
Other 10063 (-6)
Mus musculus domesticus 36 (0)
Mus musculus musculus 13 (0)
Mus 12 (0)
Mus musculus castaneus 12 (0)
Mus musculus molossinus 11 (0)
NCBITaxon:477815 11 (0)
Mus musculus bactrianus 1 (0)
Mus spretus 1 (0)

Variant Genotype Associations

Production Query

Dev Query

species count
Total 1072458 (+19555)
Mus musculus 526426 (+3941)
Drosophila melanogaster 404236 (+14916)
Danio rerio 137198 (+697)
Homo sapiens 4514 (+1)
Mus 18 (0)
Mus musculus domesticus 15 (0)
Mus musculus molossinus 14 (0)
Mus musculus musculus 10 (0)
Mus musculus bactrianus 6 (0)
Rattus norvegicus 4 (0)
Mus spretus 4 (0)
Mus musculus castaneus 4 (0)
Macaca mulatta 2 (0)
Pongo pygmaeus 2 (0)
Plecturocebus moloch 1 (0)
Saguinus labiatus 1 (0)
Gorilla gorilla 1 (0)
Bos taurus 1 (0)
Cricetulus griseus 1 (0)
Other 0 (0)

Gene Phenotype Associations

Production Query

Dev Query

species count
Total 800350 (+6825)
Drosophila melanogaster 217731 (+2186)
Mus musculus 216049 (+1239)
Homo sapiens 174583 (+2409)
Saccharomyces cerevisiae S288C 68230 (+6)
Danio rerio 54722 (+384)
Caenorhabditis elegans 53161 (+621)
Other 6494 (-11)
Bos taurus 6215 (+8)
Rattus norvegicus 1236 (0)
Sus scrofa 782 (-2)
Canis lupus familiaris 478 (0)
Gallus gallus 294 (0)
Felis catus 125 (0)
Equus caballus 63 (0)
Ovis aries 57 (0)
Saccharomyces cerevisiae 34 (-15)
Capra hircus 18 (0)
Phoenicopterus ruber 17 (0)
Mustela putorius furo 10 (0)
Oryctolagus cuniculus 10 (0)
Macaca mulatta 4 (0)
Oryzias latipes 4 (0)
Neovison vison 4 (0)
Meleagris gallopavo 3 (0)
Mesocricetus auratus 3 (0)
Bubalus bubalis 2 (0)
Vulpes vulpes 2 (0)
Vulpes lagopus 1 (0)
NCBITaxon:9690 1 (0)
Mammuthus primigenius 1 (0)
Sciurus carolinensis 1 (0)
NCBITaxon:68352 1 (0)
Ursus americanus 1 (0)
Panthera tigris tigris 1 (0)
NCBITaxon:2387 1 (0)
NCBITaxon:70340 1 (0)
Peromyscus polionotus 1 (0)
Bos grunniens 1 (0)
NCBITaxon:87177 1 (0)
Coturnix japonica 1 (0)
NCBITaxon:43597 1 (0)
Numida meleagris 1 (0)
NCBITaxon:32536 1 (0)
NCBITaxon:38666 1 (0)
Escherichia coli 1 (0)
NCBITaxon:61402 1 (0)

Gene Variant Associations

Production Query

Dev Query

species count
Total 1571525 (+13922)
Mus musculus 810446 (+1024)
Drosophila melanogaster 296627 (+2026)
Homo sapiens 256438 (+4940)
Caenorhabditis elegans 114334 (+1302)
Danio rerio 33627 (+207)
Saccharomyces cerevisiae 22299 (+4249)
Bos taurus 15406 (0)
Escherichia coli 9535 (+82)
Other 3665 (-14)
Sus scrofa 3145 (-4)
Aequorea victoria 2089 (+58)
Gallus gallus 1620 (+2)
NCBITaxon:86600 315 (+7)
Rattus norvegicus 234 (+1)
Equus caballus 183 (0)
NCBITaxon:32630 172 (+16)
Photinus pyralis 116 (0)
Anopheles gambiae 73 (0)
NCBITaxon:32644 57 (+3)
Neurospora crassa 55 (+2)
NCBITaxon:7231 49 (0)
Drosophila mauritiana 49 (0)
Chlamydomonas reinhardtii 44 (+6)
Drosophila affinidisjuncta 42 (0)
Drosophila virilis 41 (+3)
Xenopus laevis 31 (0)
Human alphaherpesvirus 1 25 (-1)
Drosophila pseudoobscura pseudoobscura 24 (+1)
Tribolium castaneum 24 (0)
Drosophila simulans 22 (0)
NCBITaxon:2389 20 (0)
Entacmaea quadricolor 18 (0)
Bombyx mori 18 (0)
Clostridium tetani 18 (+1)
Streptococcus pyogenes 17 (+1)
Escherichia virus P1 16 (0)
:.well-known/genid/bb2cf0ff025d4622cf5 16 (0)
Autographa californica nucleopolyhedrovirus 13 (0)
Corynephage beta 13 (0)
Musca domestica 13 (0)
Apis mellifera 13 (0)
Drosophila ananassae 12 (0)
Drosophila mojavensis 12 (0)
Drosophila hawaiiensis 12 (0)
NCBITaxon:12470 12 (0)
Drosophila miranda 11 (0)
NCBITaxon:2387 11 (0)
NCBITaxon:12227 11 (0)
Oryctolagus cuniculus 10 (0)
Escherichia virus MS2 9 (0)
Aedes aegypti 8 (0)
Arabidopsis thaliana 8 (+1)
NCBITaxon:30033 8 (0)
NCBITaxon:7111 8 (+1)
Cupiennius salei 8 (0)
NCBITaxon:12287 8 (0)
Bradyrhizobium sp. 7 (0)
NCBITaxon:496660 7 (-1)
Enterobacteria phage T7 7 (0)
Kluyveromyces lactis 7 (0)
Danaus plexippus 6 (0)
Drosophila hydei 6 (0)
NCBITaxon:38358 6 (0)
Human immunodeficiency virus 1 6 (0)
NCBITaxon:148603 6 (0)
NCBITaxon:6136 6 (0)
Ricinus communis 6 (0)
Artemia franciscana 6 (0)
:.well-known/genid/a35efa09e0fb254e16a 6 (0)
Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium 6 (0)
Canis lupus familiaris 5 (0)
Drosophila yakuba 5 (0)
Natronomonas pharaonis 5 (0)
Drosophila grimshawi 5 (0)
Bordetella pertussis 5 (0)
Human adenovirus 5 5 (0)
Ceratitis capitata 5 (0)
Human mastadenovirus C 5 (0)
Macaca mulatta polyomavirus 1 5 (0)
NCBITaxon:8204 5 (0)
Ovis aries 5 (0)
Drosophila willistoni 5 (0)
Drosophila immigrans 5 (0)
Scaptodrosophila lebanonensis 5 (0)
Listeria monocytogenes 5 (0)
NCBITaxon:28456 4 (+1)
NCBITaxon:45455 4 (0)
Anopheles funestus 4 (0)
Zygosaccharomyces rouxii 4 (0)
NCBITaxon:7010 4 (0)
Ciona intestinalis 4 (0)
NCBITaxon:64279 4 (0)
Tomato bushy stunt virus 4 (0)
NCBITaxon:95512 4 (0)
NCBITaxon:955 4 (0)
Rhodococcus sp. 4 (0)
NCBITaxon:4957 3 (0)
Bacillus subtilis 3 (0)
NCBITaxon:196280 3 (0)
:.well-known/genid/e66d689dd86a07aea60 3 (0)
Toxoplasma gondii 3 (0)
Vibrio parahaemolyticus 3 (0)
Lucilia cuprina 3 (0)
NCBITaxon:46758 3 (0)
Culex pipiens 3 (0)
Vibrio cholerae 3 (0)
:.well-known/genid/f8141fdf82ae439afe6 3 (0)
NCBITaxon:11309 3 (0)
Heliothis virescens 3 (0)
Drosophila teissieri 3 (0)
NCBITaxon:55100 3 (0)
Deinococcus radiodurans 3 (+1)
NCBITaxon:418985 3 (0)
Zygosaccharomyces bailii 3 (0)
Euglena gracilis 3 (0)
Hydra vulgaris 3 (0)
Bacillus anthracis 3 (0)
Staphylococcus aureus 3 (0)
Glossina morsitans 3 (0)
NCBITaxon:80765 3 (0)
Monosiga brevicollis 3 (0)
Pseudopleuronectes americanus 3 (0)
Drosophila sechellia 2 (0)
Schistosoma japonicum 2 (0)
Helicobacter pylori 2 (0)
Oryza sativa 2 (+2)
Triticum aestivum 2 (0)
NCBITaxon:103846 2 (0)
Limulus polyphemus 2 (0)
NCBITaxon:7119 2 (0)
NCBITaxon:45264 2 (0)
Aeromonas salmonicida 2 (0)
Bungarus multicinctus 2 (+1)
NCBITaxon:88209 2 (0)
Human papillomavirus type 18 2 (+2)
NCBITaxon:62873 2 (0)
Bacillus halodurans 2 (0)
Cricket paralysis virus 2 (0)
NCBITaxon:82678 2 (0)
Blattella germanica 2 (0)
Acyrthosiphon pisum 2 (0)
Human betaherpesvirus 5 2 (0)
Amphimedon queenslandica 2 (0)
NCBITaxon:35525 2 (0)
Providencia stuartii 2 (+1)
Clavularia sp. 2 (0)
Schistocerca americana 2 (0)
Drosophila persimilis 2 (0)
Rhodopseudomonas palustris 2 (0)
Mesocricetus auratus 2 (0)
NCBITaxon:7038 2 (0)
Sindbis virus 2 (0)
Hadronyche versuta 2 (0)
Trichoplax adhaerens 2 (0)
NCBITaxon:5530 2 (0)
NCBITaxon:1208342 2 (0)
Drosophila subobscura 2 (0)
Campoletis sonorensis ichnovirus 2 (0)
NCBITaxon:7740 2 (0)
NCBITaxon:109461 2 (0)
:.well-known/genid/1f58a0779e93c2ed4d2 1 (0)
NCBITaxon:12232 1 (0)
Cucurbit aphid-borne yellows virus 1 (0)
NCBITaxon:7007 1 (0)
NCBITaxon:191766 1 (0)
Manduca sexta 1 (0)
NCBITaxon:11913 1 (0)
NCBITaxon:191210 1 (0)
Potato virus X 1 (0)
NCBITaxon:301887 1 (0)
NCBITaxon:47314 1 (0)
Halocynthia roretzi 1 (0)
Vaccinia virus 1 (0)
NCBITaxon:2014434 1 (+1)
Armoracia rusticana 1 (0)
Conus marmoreus 1 (0)
NCBITaxon:55084 1 (0)
NCBITaxon:118641 1 (+1)
NCBITaxon:39722 1 (0)
NCBITaxon:7300 1 (0)
Peanut clump virus 1 (0)
Megaselia scalaris 1 (0)
Turnip crinkle virus 1 (0)
NCBITaxon:1649241 1 (0)
Human T-lymphotropic virus 1 1 (0)
Spodoptera frugiperda ascovirus 1a 1 (0)
Cricetulus griseus 1 (0)
NCBITaxon:56459 1 (0)
Hemitripterus americanus 1 (0)
Streptomyces hygroscopicus 1 (0)
Arachis hypogaea 1 (0)
NCBITaxon:35572 1 (0)
NCBITaxon:32392 1 (0)
Nodamura virus 1 (0)
:.well-known/genid/3ac34b5428d3d051863 1 (0)
Enterococcus faecalis 1 (0)
Brevundimonas diminuta 1 (0)
Fenneropenaeus merguiensis 1 (0)
Pan troglodytes 1 (0)
Beet yellows virus 1 (0)
NCBITaxon:161601 1 (0)
Saccharomyces cerevisiae S288C 1 (0)
Ixodes scapularis 1 (0)
Human T-lymphotropic virus 2 1 (0)
Pediculus humanus 1 (0)
Pseudomonas aeruginosa 1 (0)
NCBITaxon:95109 1 (0)
NCBITaxon:703 1 (0)
NCBITaxon:1051066 1 (0)
NCBITaxon:10456 1 (0)
Drosophila orena 1 (0)
NCBITaxon:210840 1 (0)
NCBITaxon:7120 1 (0)
NCBITaxon:46745 1 (0)
NCBITaxon:303354 0 (-1)

Variant Phenotype Associations

Production Query

Dev Query

species count
Total 3961076 (+63940)
Homo sapiens 2705365 (+51891)
Other 568349 (+12138)
Mus musculus 351444 (+1319)
Caenorhabditis elegans 90101 (+752)
Bos taurus 90007 (+544)
Danio rerio 88452 (+580)
Drosophila melanogaster 47021 (-3339)
Sus scrofa 12703 (0)
Gallus gallus 5835 (+81)
Ovis aries 1157 (0)
Equus caballus 452 (0)
Oncorhynchus mykiss 122 (0)
Saccharomyces cerevisiae 43 (-24)
Saccharomyces cerevisiae S288C 23 (0)
Escherichia coli 1 (0)
NCBITaxon:2387 1 (-2)

Model Disease Associations

Production Query

Dev Query

species count
Total 25138 (-224)
Homo sapiens 11808 (+26)
Mus musculus 7418 (+11)
Caenorhabditis 1542 (-60)
Caenorhabditis elegans 1301 (-32)
Diptera 999 (+88)
Mammalia 737 (-233)
Danio rerio 717 (+17)
Drosophila melanogaster 606 (-41)
Aves 3 (0)
Bos taurus 3 (0)
Other 2 (0)
Viridiplantae 1 (0)
Mus musculus castaneus 1 (0)

Disease Phenotype Associations

Production Query

Dev Query

species count
Total 222708 (+4396)
Other 222703 (+4396)
Homo sapiens 5 (0)

SciGraph Queries

Gene Variant Mix-ups

Production Query

Dev Query

field count
variant 5202 (+6)

Reagent Targeted Gene

Production Query

Dev Query

field count
rtg 240283 (+10266)

Sequence Features

Production Query

Dev Query

field count
features 8337953 (+57498)

Genes in more than one taxa

Production Query

Dev Query

field count
genes 0 (0)

Genotypes

Production Query

Dev Query

field count
genotypes 716448 (+14729)

Variant Loci

Production Query

Dev Query

field count
variants 882228 (+989)

Genes

Production Query

Dev Query

field count
genes 1998258 (+1271)

Gene Disease Mix-ups

Production Query

Dev Query

field count
gene 0 (0)

Number of edges connected to owl:Nothing

Production Query

Dev Query

field count
nothing 0 (0)