Solr Queries

Gene Phenotype Associations

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species count
Total 791937 (+42484)
Drosophila melanogaster 215556 (0)
Mus musculus 206386 (+750)
Homo sapiens 179210 (-26897)
Saccharomyces cerevisiae S288C 68224 (+68224)
Danio rerio 53948 (+603)
Caenorhabditis elegans 52774 (+145)
Other 6544 (+153)
Bos taurus 6135 (0)
Rattus norvegicus 1237 (-485)
Sus scrofa 763 (0)
Canis lupus familiaris 478 (-9)
Gallus gallus 289 (0)
Felis catus 125 (0)
Equus caballus 60 (0)
Ovis aries 57 (0)
Saccharomyces cerevisiae 49 (0)
Capra hircus 18 (0)
Phoenicopterus ruber 17 (0)
Oryctolagus cuniculus 10 (0)
Mustela putorius furo 10 (0)
Numida meleagris 7 (0)
Macaca mulatta 4 (0)
Neovison vison 4 (0)
Oryzias latipes 4 (0)
Mesocricetus auratus 3 (0)
Meleagris gallopavo 3 (0)
Bubalus bubalis 2 (0)
Vulpes vulpes 2 (0)
Holbrookia maculata 1 (0)
Sciurus carolinensis 1 (0)
Escherichia coli 1 (0)
Chaetodipus intermedius 1 (0)
Coereba flaveola 1 (0)
Panthera tigris tigris 1 (0)
Herpailurus yaguarondi 1 (0)
Anser caerulescens caerulescens 1 (0)
Panthera onca 1 (0)
NCBITaxon:2387 1 (0)
Peromyscus polionotus 1 (0)
Aspidoscelis inornata 1 (0)
Vulpes lagopus 1 (0)
Coturnix japonica 1 (0)
Acinonyx jubatus 1 (0)
Ursus americanus 1 (0)
Mammuthus primigenius 1 (0)
Bos grunniens 1 (0)

Disease Phenotype Associations

Production Query

Dev Query

species count
Total 232934 (-1473)
Other 232927 (-1473)
Homo sapiens 7 (0)

Model Disease Associations

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Dev Query

species count
Total 24491 (-91)
Homo sapiens 11785 (+24)
Mus musculus 7280 (+362)
Caenorhabditis 1623 (+1623)
Caenorhabditis elegans 1313 (-1521)
Diptera 918 (+918)
Drosophila melanogaster 657 (+20)
Danio rerio 651 (+48)
Mammalia 252 (+252)
Bos taurus 3 (0)
Aves 3 (+3)
Other 2 (-1821)
Canis lupus familiaris 2 (0)
Mus musculus castaneus 1 (0)
Viridiplantae 1 (+1)

Variant Genotype Associations

Production Query

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species count
Total 1032874 (+27514)
Mus musculus 505959 (+23908)
Drosophila melanogaster 389320 (0)
Danio rerio 133019 (+3610)
Homo sapiens 4492 (-4)
Mus 18 (0)
Mus musculus domesticus 15 (0)
Mus musculus molossinus 14 (0)
Mus musculus musculus 10 (0)
Mus musculus bactrianus 6 (0)
Mus spretus 4 (0)
Rattus norvegicus 4 (0)
Mus musculus castaneus 4 (0)
Macaca mulatta 2 (0)
Pongo pygmaeus 2 (0)
Gorilla gorilla 1 (0)
Saguinus labiatus 1 (0)
Plecturocebus moloch 1 (0)
Bos taurus 1 (0)
Cricetulus griseus 1 (0)
Other 0 (0)

Variant Phenotype Associations

Production Query

Dev Query

species count
Total 3918244 (+1237616)
Homo sapiens 2719771 (+1232518)
Other 530857 (+2563)
Mus musculus 340095 (+1623)
Caenorhabditis elegans 89349 (+187)
Danio rerio 87153 (+704)
Bos taurus 81363 (0)
Drosophila melanogaster 50360 (0)
Sus scrofa 12329 (0)
Gallus gallus 5212 (0)
Ovis aries 1105 (0)
Equus caballus 434 (0)
Oncorhynchus mykiss 122 (0)
Saccharomyces cerevisiae 67 (0)
Saccharomyces cerevisiae S288C 23 (+23)
NCBITaxon:2387 3 (0)
Escherichia coli 1 (0)
Rattus norvegicus 0 (-2)

Gene Variant Associations

Production Query

Dev Query

species count
Total 1527984 (+6307)
Mus musculus 806863 (+581)
Drosophila melanogaster 294613 (0)
Homo sapiens 225579 (+4524)
Caenorhabditis elegans 113283 (+687)
Danio rerio 32357 (+505)
Saccharomyces cerevisiae 18050 (0)
Bos taurus 15205 (0)
Escherichia coli 9453 (0)
Other 3532 (+9)
Sus scrofa 3099 (0)
Aequorea victoria 2031 (0)
Gallus gallus 1589 (0)
NCBITaxon:86600 308 (0)
Rattus norvegicus 233 (0)
Equus caballus 177 (0)
NCBITaxon:32630 156 (0)
Photinus pyralis 116 (0)
Ovis aries 97 (0)
Anopheles gambiae 73 (0)
NCBITaxon:32644 54 (0)
Neurospora crassa 53 (0)
Drosophila mauritiana 49 (0)
NCBITaxon:7231 49 (0)
Drosophila affinidisjuncta 42 (0)
Drosophila virilis 38 (0)
Chlamydomonas reinhardtii 38 (0)
Xenopus laevis 31 (0)
Human alphaherpesvirus 1 26 (0)
Tribolium castaneum 24 (0)
Drosophila pseudoobscura pseudoobscura 23 (0)
Drosophila simulans 22 (0)
NCBITaxon:2389 20 (0)
Entacmaea quadricolor 18 (0)
Bombyx mori 18 (0)
Clostridium tetani 17 (0)
:.well-known/genid/bb2cf0ff025d4622cf5 16 (0)
Streptococcus pyogenes 16 (0)
Escherichia virus P1 16 (0)
Apis mellifera 13 (0)
Musca domestica 13 (0)
Autographa californica nucleopolyhedrovirus 13 (0)
Corynephage beta 13 (0)
Drosophila ananassae 12 (0)
Drosophila mojavensis 12 (0)
NCBITaxon:12470 12 (0)
Drosophila hawaiiensis 12 (0)
NCBITaxon:2387 11 (0)
NCBITaxon:12227 11 (0)
Drosophila miranda 11 (0)
Oryctolagus cuniculus 10 (0)
Escherichia virus MS2 9 (0)
Cupiennius salei 8 (0)
NCBITaxon:30033 8 (0)
NCBITaxon:496660 8 (0)
Aedes aegypti 8 (0)
NCBITaxon:12287 8 (0)
Arabidopsis thaliana 7 (0)
Enterobacteria phage T7 7 (0)
Kluyveromyces lactis 7 (0)
Bradyrhizobium sp. 7 (0)
NCBITaxon:7111 7 (0)
Ricinus communis 6 (0)
:.well-known/genid/a35efa09e0fb254e16a 6 (0)
NCBITaxon:38358 6 (0)
Danaus plexippus 6 (0)
Artemia franciscana 6 (0)
Human immunodeficiency virus 1 6 (0)
NCBITaxon:148603 6 (0)
Drosophila hydei 6 (0)
Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium 6 (0)
NCBITaxon:6136 6 (0)
Listeria monocytogenes 5 (0)
Drosophila immigrans 5 (0)
Canis lupus familiaris 5 (0)
Drosophila grimshawi 5 (0)
Ceratitis capitata 5 (0)
NCBITaxon:8204 5 (0)
Natronomonas pharaonis 5 (0)
Scaptodrosophila lebanonensis 5 (0)
Drosophila yakuba 5 (0)
Human adenovirus 5 5 (0)
Drosophila willistoni 5 (0)
Human mastadenovirus C 5 (0)
Macaca mulatta polyomavirus 1 5 (0)
Bordetella pertussis 5 (0)
NCBITaxon:64279 4 (0)
NCBITaxon:955 4 (0)
Ciona intestinalis 4 (0)
NCBITaxon:62324 4 (0)
NCBITaxon:95512 4 (0)
Zygosaccharomyces rouxii 4 (0)
Rhodococcus sp. 4 (0)
NCBITaxon:45455 4 (0)
NCBITaxon:7010 4 (0)
Tomato bushy stunt virus 4 (0)
NCBITaxon:80765 3 (0)
Glossina morsitans 3 (0)
Hydra vulgaris 3 (0)
Toxoplasma gondii 3 (0)
Zygosaccharomyces bailii 3 (0)
Bacillus anthracis 3 (0)
NCBITaxon:4957 3 (0)
NCBITaxon:46758 3 (0)
Vibrio parahaemolyticus 3 (0)
Euglena gracilis 3 (0)
Bacillus subtilis 3 (0)
:.well-known/genid/e66d689dd86a07aea60 3 (0)
NCBITaxon:418985 3 (0)
:.well-known/genid/f8141fdf82ae439afe6 3 (0)
Pseudopleuronectes americanus 3 (0)
Heliothis virescens 3 (0)
NCBITaxon:28456 3 (0)
Vibrio cholerae 3 (0)
Culex pipiens 3 (0)
NCBITaxon:196280 3 (0)
Lucilia cuprina 3 (0)
NCBITaxon:55100 3 (0)
Drosophila teissieri 3 (0)
Monosiga brevicollis 3 (0)
NCBITaxon:11309 3 (0)
Staphylococcus aureus 3 (0)
Amphimedon queenslandica 2 (0)
Helicobacter pylori 2 (0)
Deinococcus radiodurans 2 (0)
Aeromonas salmonicida 2 (0)
NCBITaxon:35525 2 (0)
Drosophila sechellia 2 (0)
NCBITaxon:7119 2 (0)
NCBITaxon:7038 2 (0)
Triticum aestivum 2 (0)
Campoletis sonorensis ichnovirus 2 (0)
NCBITaxon:7740 2 (0)
Hadronyche versuta 2 (0)
Clavularia sp. 2 (0)
Trichoplax adhaerens 2 (0)
Bacillus halodurans 2 (0)
NCBITaxon:88209 2 (0)
Acyrthosiphon pisum 2 (0)
Drosophila persimilis 2 (0)
NCBITaxon:82678 2 (0)
Human betaherpesvirus 5 2 (0)
NCBITaxon:5530 2 (0)
Schistocerca americana 2 (0)
Blattella germanica 2 (0)
Schistosoma japonicum 2 (0)
NCBITaxon:109461 2 (0)
Mesocricetus auratus 2 (0)
NCBITaxon:1208342 2 (0)
Sindbis virus 2 (0)
Limulus polyphemus 2 (0)
Cricket paralysis virus 2 (0)
NCBITaxon:45264 2 (0)
NCBITaxon:103846 2 (0)
Rhodopseudomonas palustris 2 (0)
NCBITaxon:62873 2 (0)
Drosophila subobscura 2 (0)
Brevundimonas diminuta 1 (0)
NCBITaxon:1051066 1 (0)
NCBITaxon:191210 1 (0)
NCBITaxon:210840 1 (0)
Potato virus X 1 (0)
Megaselia scalaris 1 (0)
Bungarus multicinctus 1 (0)
Saccharomyces cerevisiae S288C 1 (+1)
Halocynthia roretzi 1 (0)
NCBITaxon:55084 1 (0)
Hemitripterus americanus 1 (0)
NCBITaxon:12232 1 (0)
Arachis hypogaea 1 (0)
Spodoptera frugiperda ascovirus 1a 1 (0)
NCBITaxon:95109 1 (0)
NCBITaxon:7120 1 (0)
NCBITaxon:703 1 (0)
:.well-known/genid/1f58a0779e93c2ed4d2 1 (0)
NCBITaxon:303354 1 (0)
Cricetulus griseus 1 (0)
NCBITaxon:35572 1 (0)
NCBITaxon:11913 1 (0)
NCBITaxon:56459 1 (0)
Conus marmoreus 1 (0)
Ixodes scapularis 1 (0)
Peanut clump virus 1 (0)
Pseudomonas aeruginosa 1 (0)
Providencia stuartii 1 (0)
Human T-lymphotropic virus 1 1 (0)
NCBITaxon:191766 1 (0)
Enterococcus faecalis 1 (0)
NCBITaxon:32392 1 (0)
:.well-known/genid/3ac34b5428d3d051863 1 (0)
NCBITaxon:46745 1 (0)
Cucurbit aphid-borne yellows virus 1 (0)
Vaccinia virus 1 (0)
NCBITaxon:10456 1 (0)
Human T-lymphotropic virus 2 1 (0)
Manduca sexta 1 (0)
Pan troglodytes 1 (0)
NCBITaxon:1649241 1 (0)
Streptomyces hygroscopicus 1 (0)
Nodamura virus 1 (0)
NCBITaxon:301887 1 (0)
Pediculus humanus 1 (0)
Drosophila orena 1 (0)
Fenneropenaeus merguiensis 1 (0)
Armoracia rusticana 1 (0)
Turnip crinkle virus 1 (0)
NCBITaxon:7300 1 (0)
NCBITaxon:161601 1 (0)
NCBITaxon:47314 1 (0)
Beet yellows virus 1 (0)
NCBITaxon:39722 1 (0)
NCBITaxon:7007 1 (0)

Genotype Phenotype Associations

Production Query

Dev Query

species count
Total 941298 (+6976)
Drosophila melanogaster 397394 (0)
Mus musculus 318850 (+1406)
Homo sapiens 118295 (+6520)
Danio rerio 96585 (+822)
Other 10077 (-1772)
Mus musculus domesticus 36 (0)
Mus musculus musculus 13 (0)
Mus 12 (0)
Mus musculus castaneus 12 (0)
Mus musculus molossinus 11 (0)
NCBITaxon:477815 11 (0)
Mus spretus 1 (0)
Mus musculus bactrianus 1 (0)

Gene Disease Associations

Production Query

Dev Query

species count
Total 41190 (-4581)
Homo sapiens 39970 (-4582)
Mus musculus 306 (+3)
Canis lupus familiaris 238 (0)
Bos taurus 130 (0)
Rattus norvegicus 73 (-1)
Felis catus 61 (0)
Ovis aries 49 (0)
Gallus gallus 46 (0)
Sus scrofa 45 (0)
Equus caballus 44 (+1)
Drosophila melanogaster 37 (+2)
Danio rerio 27 (-1)
Capra hircus 15 (0)
Oryctolagus cuniculus 13 (0)
Coturnix japonica 9 (0)
Caenorhabditis elegans 8 (0)
Other 6 (-3)
Neovison vison 5 (0)
Equus asinus 5 (0)
Oryzias latipes 4 (0)
Bubalus bubalis 4 (0)
Mesocricetus auratus 4 (0)
Philomachus pugnax 3 (0)
Vulpes lagopus 3 (0)
Bos grunniens 3 (0)
Macaca mulatta 3 (0)
Mammuthus primigenius 2 (0)
Mustela putorius furo 2 (0)
Vulpes vulpes 2 (0)
Geospiza fortis 2 (0)
Numida meleagris 2 (0)
Acinonyx jubatus 2 (0)
Xenopus (Silurana) tropicalis 2 (0)
Macaca fascicularis 2 (0)
Meleagris gallopavo 2 (0)
Falco rusticolus 1 (0)
NCBITaxon:46844 1 (0)
NCBITaxon:273489 1 (0)
Gorilla gorilla 1 (0)
Delphinus capensis 1 (0)
Sciurus carolinensis 1 (0)
Cavia porcellus 1 (0)
Prionailurus bengalensis 1 (0)
Panthera tigris tigris 1 (0)
Takifugu rubripes 1 (0)
Herpailurus yaguarondi 1 (0)
Stercorarius parasiticus 1 (0)
Aspidoscelis inornata 1 (0)
NCBITaxon:345164 1 (0)
Macaca fuscata 1 (0)
Oreochromis niloticus 1 (0)
Hylobates lar 1 (0)
Delphinapterus leucas 1 (0)
Pan troglodytes 1 (0)
Peromyscus polionotus 1 (0)
Megaptera novaeangliae 1 (0)
Sula leucogaster 1 (0)
NCBITaxon:61406 1 (0)
Ursus americanus 1 (0)
Tursiops truncatus 1 (0)
Catopuma temminckii 1 (0)
Canis latrans 1 (0)
Holbrookia maculata 1 (0)
NCBITaxon:328808 1 (0)
Hylobates agilis 1 (0)
Bos mutus 1 (0)
Chaetodipus intermedius 1 (0)
Coturnix coturnix 1 (0)
Balaenoptera omurai 1 (0)
Coereba flaveola 1 (0)
Panthera tigris 1 (0)
Dromaius novaehollandiae 1 (0)
Columba livia 1 (0)
Astyanax 1 (0)
Rangifer tarandus 1 (0)
Monarcha castaneiventris 1 (0)
Aepyceros melampus 1 (0)
NCBITaxon:61386 1 (0)
Lacerta 1 (0)
Ctenopharyngodon idella 1 (0)
Balaenoptera acutorostrata 1 (0)
Sus scrofa domesticus 1 (0)
Neophocaena phocaenoides 1 (0)
Anser caerulescens caerulescens 1 (0)
Lipotes vexillifer 1 (0)
Panthera onca 1 (0)
Anas platyrhynchos 1 (0)
Elephas maximus 1 (0)
Sula sula 1 (0)
Cebus apella 1 (0)
Phoenicopterus ruber 1 (0)
Panthera pardus 1 (0)
Peromyscus maniculatus 1 (0)
Canis lupus 1 (0)
Camelus dromedarius 1 (0)
Symphalangus syndactylus 1 (0)

Relations

Production Query

Dev Query

relation count
Total 37696081 (+2907014)
is_about 6802338 (-250403)
has phenotype 5592980 (+1279240)
mentions 5495323 (+625006)
interacts with 3616827 (+9271)
Other 3300769 (+860951)
in paralogy relationship with 2339922 (+20620)
Source 2254395 (+124373)
in orthology relationship with 1797798 (+141796)
expressed in 1452525 (-14)
in 1 to 1 orthology relationship with 1309368 (+67957)
involved in 884225 (-2359)
is_allele_of 852168 (+1257)
has_genotype 453098 (+23103)
has_affected_feature 216261 (+4359)
is marker for 201085 (-4618)
is part of 198478 (+1467)
is_expression_variant_of 195052 (+242)
enables 180619 (+1099)
targets_gene 171568 (+380)
sequence_derives_from 92930 (+69)
colocalizes with 74683 (+111)
pathogenic_for_condition 46701 (-422)
in xenology relationship with 38068 (+4462)
is model of 35587 (-68)
contributes to 33356 (+260)
derives_from 29441 (+41)
genetically interacts with 19843 (+24)
likely_pathogenic_for_condition 10668 (+22)
is_reference_allele_of 4 (0)
is_variant_allele_of 1 (0)
causally upstream of or within 0 (-1212)

Variant Disease Associations

Production Query

Dev Query

species count
Total 76133 (+3)
Homo sapiens 75407 (+3)
Other 726 (0)

SciGraph Queries

Sequence Features

Production Query

Dev Query

field count
features 7897230 (-12777)

Variant Loci

Production Query

Dev Query

field count
variants 878173 (-6813)

Reagent Targeted Gene

Production Query

Dev Query

field count
rtg 229894 (+242)

Gene Variant Mix-ups

Production Query

Dev Query

field count
variant 5203 (-5)

Gene Disease Mix-ups

Production Query

Dev Query

field count
gene 4 (-1)

Genes

Production Query

Dev Query

field count
genes 2004057 (-26700)

Genotypes

Production Query

Dev Query

field count
genotypes 692028 (+2861)

Number of edges connected to owl:Nothing

Production Query

Dev Query

field count
nothing 0 (0)