Solr Queries

Model Disease Associations

Production Query

Dev Query

species count
Total 25128 (+546)
Homo sapiens 11782 (+21)
Mus musculus 7253 (+335)
Caenorhabditis 1604 (+1604)
Caenorhabditis elegans 1332 (-1502)
Mammalia 929 (+929)
Diptera 918 (+918)
Drosophila melanogaster 657 (+20)
Danio rerio 642 (+39)
Bos taurus 3 (0)
Aves 3 (+3)
Canis lupus familiaris 2 (0)
Mus musculus castaneus 1 (0)
Other 1 (-1822)
Viridiplantae 1 (+1)

Relations

Production Query

Dev Query

relation count
Total 35923024 (+1133957)
is_about 6798329 (-254412)
mentions 5494925 (+624608)
has phenotype 4623048 (+309308)
interacts with 3614626 (+7070)
Other 2594294 (+154476)
in paralogy relationship with 2339630 (+20328)
Source 2158757 (+28735)
in orthology relationship with 1797594 (+141592)
expressed in 1452539 (0)
in 1 to 1 orthology relationship with 1309361 (+67950)
involved in 890262 (+3678)
is_allele_of 852191 (+1280)
has_genotype 453018 (+23023)
has_affected_feature 215023 (+3121)
is marker for 201057 (-4646)
is part of 198401 (+1390)
is_expression_variant_of 195024 (+214)
enables 180457 (+937)
targets_gene 171510 (+322)
sequence_derives_from 92919 (+58)
colocalizes with 74653 (+81)
pathogenic_for_condition 46767 (-356)
in xenology relationship with 38068 (+4462)
is model of 36221 (+566)
contributes to 34373 (+1277)
derives_from 29438 (+38)
genetically interacts with 19841 (+22)
likely_pathogenic_for_condition 10693 (+47)
is_reference_allele_of 4 (0)
is_variant_allele_of 1 (0)
causally upstream of or within 0 (-1212)

Disease Phenotype Associations

Production Query

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species count
Total 232934 (-1473)
Other 232927 (-1473)
Homo sapiens 7 (0)

Variant Genotype Associations

Production Query

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species count
Total 1031565 (+26205)
Mus musculus 505785 (+23734)
Drosophila melanogaster 389320 (0)
Danio rerio 131882 (+2473)
Homo sapiens 4494 (-2)
Mus 18 (0)
Mus musculus domesticus 15 (0)
Mus musculus molossinus 14 (0)
Mus musculus musculus 10 (0)
Mus musculus bactrianus 6 (0)
Mus musculus castaneus 4 (0)
Mus spretus 4 (0)
Rattus norvegicus 4 (0)
Macaca mulatta 2 (0)
Pongo pygmaeus 2 (0)
Cricetulus griseus 1 (0)
Saguinus labiatus 1 (0)
Plecturocebus moloch 1 (0)
Gorilla gorilla 1 (0)
Bos taurus 1 (0)
Other 0 (0)

Gene Variant Associations

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Dev Query

species count
Total 1526672 (+4995)
Mus musculus 806952 (+670)
Drosophila melanogaster 294613 (0)
Homo sapiens 224313 (+3258)
Caenorhabditis elegans 113283 (+687)
Danio rerio 32232 (+380)
Saccharomyces cerevisiae 18050 (0)
Bos taurus 15205 (0)
Escherichia coli 9453 (0)
Other 3522 (-1)
Sus scrofa 3099 (0)
Aequorea victoria 2031 (0)
Gallus gallus 1589 (0)
NCBITaxon:86600 308 (0)
Rattus norvegicus 233 (0)
Equus caballus 177 (0)
NCBITaxon:32630 156 (0)
Photinus pyralis 116 (0)
Ovis aries 97 (0)
Anopheles gambiae 73 (0)
NCBITaxon:32644 54 (0)
Neurospora crassa 53 (0)
NCBITaxon:7231 49 (0)
Drosophila mauritiana 49 (0)
Drosophila affinidisjuncta 42 (0)
Chlamydomonas reinhardtii 38 (0)
Drosophila virilis 38 (0)
Xenopus laevis 31 (0)
Human alphaherpesvirus 1 26 (0)
Tribolium castaneum 24 (0)
Drosophila pseudoobscura pseudoobscura 23 (0)
Drosophila simulans 22 (0)
NCBITaxon:2389 20 (0)
Bombyx mori 18 (0)
Entacmaea quadricolor 18 (0)
Clostridium tetani 17 (0)
Streptococcus pyogenes 16 (0)
Escherichia virus P1 16 (0)
:.well-known/genid/bb2cf0ff025d4622cf5 16 (0)
Apis mellifera 13 (0)
Autographa californica nucleopolyhedrovirus 13 (0)
Musca domestica 13 (0)
Corynephage beta 13 (0)
Drosophila hawaiiensis 12 (0)
Drosophila mojavensis 12 (0)
Drosophila ananassae 12 (0)
NCBITaxon:12470 12 (0)
Drosophila miranda 11 (0)
NCBITaxon:2387 11 (0)
NCBITaxon:12227 11 (0)
Oryctolagus cuniculus 10 (0)
Escherichia virus MS2 9 (0)
Cupiennius salei 8 (0)
NCBITaxon:496660 8 (0)
NCBITaxon:30033 8 (0)
Aedes aegypti 8 (0)
NCBITaxon:12287 8 (0)
NCBITaxon:7111 7 (0)
Kluyveromyces lactis 7 (0)
Arabidopsis thaliana 7 (0)
Bradyrhizobium sp. 7 (0)
Enterobacteria phage T7 7 (0)
NCBITaxon:38358 6 (0)
NCBITaxon:148603 6 (0)
Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium 6 (0)
Danaus plexippus 6 (0)
Drosophila hydei 6 (0)
Artemia franciscana 6 (0)
Ricinus communis 6 (0)
:.well-known/genid/a35efa09e0fb254e16a 6 (0)
NCBITaxon:6136 6 (0)
Human immunodeficiency virus 1 6 (0)
Drosophila grimshawi 5 (0)
Human adenovirus 5 5 (0)
Canis lupus familiaris 5 (0)
Macaca mulatta polyomavirus 1 5 (0)
Ceratitis capitata 5 (0)
Drosophila willistoni 5 (0)
Listeria monocytogenes 5 (0)
Drosophila yakuba 5 (0)
Scaptodrosophila lebanonensis 5 (0)
Drosophila immigrans 5 (0)
Natronomonas pharaonis 5 (0)
Bordetella pertussis 5 (0)
NCBITaxon:8204 5 (0)
Human mastadenovirus C 5 (0)
Rhodococcus sp. 4 (0)
Tomato bushy stunt virus 4 (0)
NCBITaxon:62324 4 (0)
NCBITaxon:45455 4 (0)
Ciona intestinalis 4 (0)
NCBITaxon:955 4 (0)
Zygosaccharomyces rouxii 4 (0)
NCBITaxon:64279 4 (0)
NCBITaxon:7010 4 (0)
NCBITaxon:95512 4 (0)
NCBITaxon:11309 3 (0)
NCBITaxon:55100 3 (0)
Bacillus subtilis 3 (0)
Staphylococcus aureus 3 (0)
Hydra vulgaris 3 (0)
Zygosaccharomyces bailii 3 (0)
Culex pipiens 3 (0)
NCBITaxon:80765 3 (0)
:.well-known/genid/e66d689dd86a07aea60 3 (0)
NCBITaxon:196280 3 (0)
Euglena gracilis 3 (0)
NCBITaxon:418985 3 (0)
Pseudopleuronectes americanus 3 (0)
Toxoplasma gondii 3 (0)
:.well-known/genid/f8141fdf82ae439afe6 3 (0)
Glossina morsitans 3 (0)
Lucilia cuprina 3 (0)
Drosophila teissieri 3 (0)
NCBITaxon:4957 3 (0)
Vibrio cholerae 3 (0)
NCBITaxon:28456 3 (0)
NCBITaxon:46758 3 (0)
Heliothis virescens 3 (0)
Vibrio parahaemolyticus 3 (0)
Monosiga brevicollis 3 (0)
Bacillus anthracis 3 (0)
Deinococcus radiodurans 2 (0)
NCBITaxon:103846 2 (0)
NCBITaxon:5530 2 (0)
Hadronyche versuta 2 (0)
NCBITaxon:35525 2 (0)
NCBITaxon:7740 2 (0)
Schistocerca americana 2 (0)
Blattella germanica 2 (0)
Amphimedon queenslandica 2 (0)
Helicobacter pylori 2 (0)
Cricket paralysis virus 2 (0)
Triticum aestivum 2 (0)
Sindbis virus 2 (0)
NCBITaxon:7038 2 (0)
Drosophila persimilis 2 (0)
NCBITaxon:62873 2 (0)
Limulus polyphemus 2 (0)
Schistosoma japonicum 2 (0)
NCBITaxon:45264 2 (0)
NCBITaxon:109461 2 (0)
NCBITaxon:82678 2 (0)
Trichoplax adhaerens 2 (0)
Acyrthosiphon pisum 2 (0)
Drosophila subobscura 2 (0)
Campoletis sonorensis ichnovirus 2 (0)
NCBITaxon:88209 2 (0)
NCBITaxon:1208342 2 (0)
Drosophila sechellia 2 (0)
Aeromonas salmonicida 2 (0)
NCBITaxon:7119 2 (0)
Clavularia sp. 2 (0)
Human betaherpesvirus 5 2 (0)
Mesocricetus auratus 2 (0)
Bacillus halodurans 2 (0)
Rhodopseudomonas palustris 2 (0)
:.well-known/genid/1f58a0779e93c2ed4d2 1 (0)
Human T-lymphotropic virus 2 1 (0)
NCBITaxon:1051066 1 (0)
Providencia stuartii 1 (0)
NCBITaxon:7300 1 (0)
Cricetulus griseus 1 (0)
Potato virus X 1 (0)
NCBITaxon:7007 1 (0)
Streptomyces hygroscopicus 1 (0)
Pediculus humanus 1 (0)
Drosophila orena 1 (0)
Saccharomyces cerevisiae S288C 1 (+1)
Vaccinia virus 1 (0)
Pseudomonas aeruginosa 1 (0)
Brevundimonas diminuta 1 (0)
Cucurbit aphid-borne yellows virus 1 (0)
NCBITaxon:191210 1 (0)
Fenneropenaeus merguiensis 1 (0)
NCBITaxon:39722 1 (0)
Beet yellows virus 1 (0)
Hemitripterus americanus 1 (0)
NCBITaxon:1649241 1 (0)
NCBITaxon:301887 1 (0)
Conus marmoreus 1 (0)
Halocynthia roretzi 1 (0)
Pan troglodytes 1 (0)
Turnip crinkle virus 1 (0)
Bungarus multicinctus 1 (0)
Armoracia rusticana 1 (0)
:.well-known/genid/3ac34b5428d3d051863 1 (0)
NCBITaxon:7120 1 (0)
NCBITaxon:47314 1 (0)
NCBITaxon:210840 1 (0)
NCBITaxon:35572 1 (0)
NCBITaxon:11913 1 (0)
Megaselia scalaris 1 (0)
Spodoptera frugiperda ascovirus 1a 1 (0)
NCBITaxon:95109 1 (0)
NCBITaxon:55084 1 (0)
NCBITaxon:46745 1 (0)
NCBITaxon:703 1 (0)
Nodamura virus 1 (0)
Human T-lymphotropic virus 1 1 (0)
NCBITaxon:161601 1 (0)
NCBITaxon:10456 1 (0)
Peanut clump virus 1 (0)
NCBITaxon:32392 1 (0)
Ixodes scapularis 1 (0)
NCBITaxon:12232 1 (0)
Arachis hypogaea 1 (0)
NCBITaxon:191766 1 (0)
Enterococcus faecalis 1 (0)
NCBITaxon:56459 1 (0)
NCBITaxon:303354 1 (0)
Manduca sexta 1 (0)

Variant Disease Associations

Production Query

Dev Query

species count
Total 76454 (+324)
Homo sapiens 75728 (+324)
Other 726 (0)

Genotype Phenotype Associations

Production Query

Dev Query

species count
Total 940937 (+6615)
Drosophila melanogaster 397394 (0)
Mus musculus 318652 (+1208)
Homo sapiens 118295 (+6520)
Danio rerio 96422 (+659)
Other 10077 (-1772)
Mus musculus domesticus 36 (0)
Mus musculus musculus 13 (0)
Mus musculus castaneus 12 (0)
Mus 12 (0)
Mus musculus molossinus 11 (0)
NCBITaxon:477815 11 (0)
Mus spretus 1 (0)
Mus musculus bactrianus 1 (0)

Variant Phenotype Associations

Production Query

Dev Query

species count
Total 2959849 (+279221)
Homo sapiens 1762129 (+274876)
Other 530574 (+2280)
Mus musculus 339866 (+1394)
Caenorhabditis elegans 89349 (+187)
Danio rerio 86933 (+484)
Bos taurus 81363 (0)
Drosophila melanogaster 50360 (0)
Sus scrofa 12329 (0)
Gallus gallus 5212 (0)
Ovis aries 1105 (0)
Equus caballus 434 (0)
Oncorhynchus mykiss 122 (0)
Saccharomyces cerevisiae 67 (0)
NCBITaxon:2387 3 (0)
Rattus norvegicus 2 (0)
Escherichia coli 1 (0)

Gene Phenotype Associations

Production Query

Dev Query

species count
Total 780777 (+31324)
Homo sapiens 235938 (+29831)
Drosophila melanogaster 215556 (0)
Mus musculus 206382 (+746)
Danio rerio 53850 (+505)
Caenorhabditis elegans 52774 (+145)
Other 6488 (+97)
Bos taurus 6135 (0)
Rattus norvegicus 1722 (0)
Sus scrofa 763 (0)
Canis lupus familiaris 487 (0)
Gallus gallus 289 (0)
Felis catus 125 (0)
Equus caballus 60 (0)
Ovis aries 57 (0)
Saccharomyces cerevisiae 49 (0)
Capra hircus 18 (0)
Phoenicopterus ruber 17 (0)
Mustela putorius furo 10 (0)
Oryctolagus cuniculus 10 (0)
Numida meleagris 7 (0)
Neovison vison 4 (0)
Macaca mulatta 4 (0)
Oryzias latipes 4 (0)
Mesocricetus auratus 3 (0)
Meleagris gallopavo 3 (0)
Vulpes vulpes 2 (0)
Bubalus bubalis 2 (0)
Acinonyx jubatus 1 (0)
Ursus americanus 1 (0)
Anser caerulescens caerulescens 1 (0)
NCBITaxon:2387 1 (0)
Aspidoscelis inornata 1 (0)
Coereba flaveola 1 (0)
Panthera tigris tigris 1 (0)
Peromyscus polionotus 1 (0)
Coturnix japonica 1 (0)
Sciurus carolinensis 1 (0)
Escherichia coli 1 (0)
Panthera onca 1 (0)
Herpailurus yaguarondi 1 (0)
Chaetodipus intermedius 1 (0)
Holbrookia maculata 1 (0)
Bos grunniens 1 (0)
Vulpes lagopus 1 (0)
Mammuthus primigenius 1 (0)

Gene Disease Associations

Production Query

Dev Query

species count
Total 41924 (-3847)
Homo sapiens 40707 (-3845)
Mus musculus 306 (+3)
Canis lupus familiaris 238 (0)
Bos taurus 130 (0)
Rattus norvegicus 73 (-1)
Felis catus 61 (0)
Ovis aries 49 (0)
Gallus gallus 46 (0)
Sus scrofa 45 (0)
Equus caballus 43 (0)
Drosophila melanogaster 37 (+2)
Danio rerio 27 (-1)
Capra hircus 15 (0)
Oryctolagus cuniculus 13 (0)
Coturnix japonica 9 (0)
Caenorhabditis elegans 8 (0)
Neovison vison 5 (0)
Equus asinus 5 (0)
Oryzias latipes 4 (0)
Mesocricetus auratus 4 (0)
Bubalus bubalis 4 (0)
Other 4 (-5)
Philomachus pugnax 3 (0)
Macaca mulatta 3 (0)
Bos grunniens 3 (0)
Vulpes lagopus 3 (0)
Acinonyx jubatus 2 (0)
Geospiza fortis 2 (0)
Xenopus (Silurana) tropicalis 2 (0)
Macaca fascicularis 2 (0)
Mustela putorius furo 2 (0)
Numida meleagris 2 (0)
Meleagris gallopavo 2 (0)
Vulpes vulpes 2 (0)
Mammuthus primigenius 2 (0)
Cebus apella 1 (0)
Gorilla gorilla 1 (0)
Canis latrans 1 (0)
Camelus dromedarius 1 (0)
Anser caerulescens caerulescens 1 (0)
Dromaius novaehollandiae 1 (0)
Delphinus capensis 1 (0)
Sula leucogaster 1 (0)
Balaenoptera omurai 1 (0)
Macaca fuscata 1 (0)
Coereba flaveola 1 (0)
Bos mutus 1 (0)
Lipotes vexillifer 1 (0)
Monarcha castaneiventris 1 (0)
Falco rusticolus 1 (0)
Ursus americanus 1 (0)
NCBITaxon:61386 1 (0)
Coturnix coturnix 1 (0)
Columba livia 1 (0)
Pan troglodytes 1 (0)
Megaptera novaeangliae 1 (0)
NCBITaxon:273489 1 (0)
Peromyscus maniculatus 1 (0)
Astyanax 1 (0)
Lacerta 1 (0)
Ctenopharyngodon idella 1 (0)
Chaetodipus intermedius 1 (0)
Balaenoptera acutorostrata 1 (0)
Anas platyrhynchos 1 (0)
NCBITaxon:61406 1 (0)
Neophocaena phocaenoides 1 (0)
Sula sula 1 (0)
Catopuma temminckii 1 (0)
Hylobates lar 1 (0)
Aspidoscelis inornata 1 (0)
Prionailurus bengalensis 1 (0)
Rangifer tarandus 1 (0)
Panthera tigris tigris 1 (0)
Peromyscus polionotus 1 (0)
Tursiops truncatus 1 (0)
Panthera tigris 1 (0)
Aepyceros melampus 1 (0)
NCBITaxon:328808 1 (0)
Hylobates agilis 1 (0)
NCBITaxon:345164 1 (0)
Sciurus carolinensis 1 (0)
Oreochromis niloticus 1 (0)
Takifugu rubripes 1 (0)
Elephas maximus 1 (0)
Sus scrofa domesticus 1 (0)
Phoenicopterus ruber 1 (0)
Canis lupus 1 (0)
Delphinapterus leucas 1 (0)
Symphalangus syndactylus 1 (0)
Cavia porcellus 1 (0)
Stercorarius parasiticus 1 (0)
Panthera onca 1 (0)
Herpailurus yaguarondi 1 (0)
Holbrookia maculata 1 (0)
NCBITaxon:46844 1 (0)
Panthera pardus 1 (0)

SciGraph Queries

Gene Variant Mix-ups

Production Query

Dev Query

field count
variant 5203 (-5)

Reagent Targeted Gene

Production Query

Dev Query

field count
rtg 229866 (+214)

Genes

Production Query

Dev Query

field count
genes 2003767 (-26990)

Variant Loci

Production Query

Dev Query

field count
variants 877971 (-7015)

Sequence Features

Production Query

Dev Query

field count
features 7892290 (-17717)

Genotypes

Production Query

Dev Query

field count
genotypes 691523 (+2356)

Gene Disease Mix-ups

Production Query

Dev Query

field count
gene 4 (-1)

Number of edges connected to owl:Nothing

Production Query

Dev Query

field count
nothing 0 (0)